宾夕法尼亚大学的科学家们开发了分析RNA调控的新方法，这一方法能够有效获得RNA与RNA结合蛋白(RBP)互作的所有位点。生物学家们逐渐意识到，rna不只是DNA和蛋白之间的过渡产物，它对调节基因的表达有重要作用。深入研究RNA调控，能够帮助科学家们进一步理解相关疾病。针对这个问题，宾夕法尼亚大学的科学家们开发了分析RNA调控的新方法，这一方法能够有效获得RNA与RNA结合蛋白(RBP)互作的所有位点。这个方法不仅鉴定了RBP结合位点中的重要基因突变，还为其他RNA研究者提供了路线图。

“RNA分子生活史中的每一步都受到RBP的控制，” 文章的资深作者，助理教授Brian D. Gregory说。“我们希望建立RBP结合位点的数据库。”这些互作发生的位点，对于理解RNA相关疾病非常重要。

“许多研究显示，RBP或RBP结合位点上的突变影响很大，特别是对大脑而言，”文章的共同第一作者Ian M Silverman说。“神经元似乎对RBP缺陷更为敏感。”研究人员希望开发出类似于DNA印记法(DNA footprinting)的技术。此前也有一些研究团队进行了RNA印记分析，但他们是使用人工合成的核苷酸来标记蛋白互作的位点，这种方法只能在体外培养的细胞中进行，不能用于组织或整个有机体。

宾夕法尼亚大学的研究团队，在HeLa人类细胞系中对转录组进行了分析。他们通过交联将RNA分子与蛋白连接起来，然后用酶降解RNA分子，并对这些片段进行测序。RNA与蛋白结合的片段会受到保护而免于降解，而在去除了RBP的对照组中RNA不再受到这样的保护，因此对比两组的测序结果，就能揭示蛋白的结合位点。研究人员将这一方法称为PIP-seq。

这项研究验证了PIP-seq的可重复性，并且向人们展示PIP-seq得到的结果与已知的RBP结合位点相符。研究人员进一步研究RBP的结合位点发现，许多结合位点位于RNA剪切的相关区域。此外，一些反复出现的结合序列，与重要的生物学过程有关，包括发育、免疫和细胞程序性死亡。